幻影忍者城被冰封，六位忍者必须潜入时间裂缝，夺回被偷走的“火焰之源”。
新反派“冰霜之王”用远古法器将幻影忍者城冰封，唯有“火焰之源”能解冻。但火焰之源被分裂成六块，散落在不同的时间裂缝中。劳埃德带领忍者们分头进入过去、未来和平行时空：赞回到自己还是机器人的诞生时刻，杰去了一个没有幽默的黑暗世界，而寇则遇见了已经牺牲的师父。每一块碎片都是一次心灵考验。当他们集齐所有碎片时发现，真正的火焰之源，是他们六人从未动摇的信任。
这一季情感浓度极高，时间旅行设定玩出了新意，每个忍者的“心魔”都得到了深度挖掘。致敬前作的彩蛋多到数不清，老粉会哭。
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